유례없는대재해"세컨드임팩트"의조흔을남긴지구--제3신도쿄시를목표로"제4사도"가내습해,인류의명운은특무기관네르프에맡겨진다.14세소년이카리신지는네르프본부에끌려가에반게리온초호기를타고사도와싸우도록강요받는다.시키는대로초호기에올라탄신지는사도를격퇴하고,에바0호기의조종사아야나미레이와함께사도요격의임무를맡게되지만,이윽고내습한제6사도는초호기에큰손상을입힌다.카츠라기미사토는일본전역의전력을한데모아초호기의양전자포로사도를격멸하는"야시마작전"을제안한다.과연인류의운명은?