‘신세기에반게리온’TV시리즈의완결판-‘카오루’의죽음이후공황상태에빠진‘신지’.한편,네르프총사령관‘겐도’는‘서드임팩트’즉,‘인류보완계획’을놓고‘제레’와갈등을벌인다.이에‘제레’는양산형에바를투입해네르프본부와에바파일럿들을향해총공격을감행하고맹공에혼수상태였던‘아스카’까지완전히폭주한다.‘신지’는‘미사토’의도움으로겨우초호기에오르지만,인류의운명을결정해야하는상황에한계에부딪히게되는데…